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Bien que, comme le castor d’Europe ou le balbuzard pêcheur, certaines espèces se portent bien, on assiste globalement à une érosion de la biodiversité régionale, due à l’artificialisation des sols, à la simplification de certains espaces agricoles et forestiers et à l’abandon de pratiques telles que la pisciculture d’étang, l’élevage sur prairies naturelles, ou l’agro-écologie.
La dispersion d’espèces exotiques envahissantes avec des espèces comme la jussie ou la grenouille taureau contribue également à cette érosion.